大多数口腔溃疡的确切原因尚不清楚。可能与免疫低下、营养缺乏、社会心理、遗传、感染及消化不良等因素有关，女性月经周期也会影响口腔溃疡的发作。
单发性口腔溃疡
大多数单发的口腔溃疡是由口腔黏膜损伤引起的。例如:
●不小心咬到脸颊内侧，或被尖锐的牙齿弄伤;
●不合适的假牙;
●坚硬的食物;
●蛀牙填充不良、有尖锐边缘。
复发性口腔溃疡
复发性口腔溃疡与遗传有一定关系，父母如果有复发性口腔溃疡，子女可能也会有。以下是一些常见诱因:
●压力和焦虑;
●激素变化:有些妇女在月经期间会出现口腔溃疡;
●进食某些食物:比如巧克力、辛辣食物、咖啡、花生、杏仁、草莓、奶酪、西红柿等;
●使用含十二烷基硫酸钠的牙膏;
●戒烟:戒烟初期可能会出现口腔溃疡。
疾病相关口腔溃疡
口腔溃疡有时可能是由某些疾病引起的，如:
●病*感染:包括疱疹病*、水痘病*和手足口病病*;
●维生素B12缺乏或缺铁:克罗恩病:--种弓
起消化系统黏膜炎症的长期慢性疾病;
●乳糜泻:由于对麸质过敏引起的一种常见的消化系统疾病;
●反应性关节炎:导致全身多个部位炎症的疾病，通常是身体对感染作出的反应;
●免疫系统功能减退:比如艾滋病或系统性红斑狼疮;
●白塞病:一种罕见疾病，可引起血管扩。